KAGEXはその名の通り、吉里吉里に付属しているKAG3に対してレイヤ機能などを中心に拡張したものです。
基本的にはKAG3を拡張する形で作られているので、KAG3で作成したゲームはKAGEX上で動かしてもそのまま動作することが多いようです。（一部でKAG3の動作を書き換えている箇所があるため完全に動作するとは言えないようです。）
KAGEXの位置づけとしてはまだ微妙なところで吉里吉里本体のソースリポジトリには入っていますが、本体のダウンロードの時には入ってきません。
これはまだ、開発中であるためと思われます。安定版が出るとしたらKAG3と共存する形で配布されるのではないかと思われます。（でも永遠に出ないかも。）
開発版？
上記にもあるようにKAGEXは現在（2007/7/1)開発版として存在しており、安定版というのが存在しません。
これは、どんどん仕様（タグ名や属性値などの動作）が変化されることがあって、新しい物を上書きするとうまく動かなくなるかもしれないということを示しています。
また、多数の人による動作検証が行われていないため、多数のバグ（不具合）が存在する場合もあります。
この辺りを理解した上で使用する必要がありあます。
KAGEXを使うメリットは？
上記のように（仕様・動作ともに）不安定であるにも関わらず、私がここで「KAGEXのススメ」なんてものを書いているのはそれを上回る利点があるためです。
個人的に使いたいと思わせたのは以下の点です。
１．座標やレイヤ番号などの数値をあまり意識させない
２．動的な動作が容易
３．実は細かいところで気が利く機能があったりする
１．について、KAGEXで立ち絵などを表示する際にレイヤ番号や表示位置などを意識する必要はありません。KAG3の場合は目地的に表示する必要があり、それを回避するためにはマクロなどを書く必要がありました。
また、省略記法によるタグを意識させないような書き方ができるため、見た目にもわかりやすくなります。
２．について、これも１と関係するのですが、座標を指定することなく簡単にキャラクタなどを動かすことができます。
アクション機能を使えばより複雑な動作も可能になります。
３．について、上記１・２はワールド拡張機能に関する物ですが、それ以外にも追加されたタグなどがあり、意外とほしかった物がそこにあるかもしれません。
あと、地味にアドベンチャーゲーム用のシステム（セーブ・ロードなど）もサンプルとしてついています。